Il consiglio di amministrazione delle ATER è composto da tre componenti nominati dal Consiglio regionale, viene costituito con decreto del Presidente della Giunta regionale e dura in carica per tutta la durata della legislatura. Spetta al CdA, sulla base degli indirizzi dettati dalla Regione, esercitare le funzioni previste dall'art. 10 della L.R. 39/2017.